Volk65, для общей картины:
1) в НАСе был рейд? какой?
2) СМАРТ тесты дисков когда делали?
3) антивирусом пользовались?
4) Источник бесперебоойного питаания (ИБП) был?
короткие отключения электричества возможны?
В офиц. поддержку будете обращаться?
Спасибо всем, кто нашел время откликнуться.
Сразу скажу - на данный момент ПОЧТИ всё ок, за исключением некоторых непоняток.
Сначала отвечу на вопросы olegf2:
1. Да. RAID 5 - 4x4Тб WD RED, полезная площадь 11 тб
2. Смарт тесты дисков в виде писем валятся на почту ежемесячно. Там всё ОК.
3. Антивирус устанавливаю всегда в первую очередь. Т.е. штатный был установлен.
4. ИБП есть: APC BACK-UPS 525 - Батареи заменены 4-5 мес назад. Никаких проблем и нареканий нет. За год работы было пару кратковременных отключения света, всё отработало на "пять с плюсом": Письма пришли, выключения не потребовалось.
5. А вот обращаться в ТехПод или нет - даже не знаю. см. ниже.
Теперь, что именно я сделал, и какие есть непонятки...
- За неимением выбора я начал устанавливать систему. (был конечно выбор не переустанавливать систему, а позвонить в ТехПод, но я почему-то был уверен, что систему придется устанавливать по-любому).
- НАС у меня использовался в роли "НомеEdition"
поэтому там не было "миллиона учеток". А вот БД MySQL была для меня очень важна. Там у меня данные за год работы одного игрового сообщества по проведению мультиплееров.
- НО! была у меня и надежда, что всё образуется, потому, что каждый день в 5.00 делался бэкап MySQL при помощи стандартного пакета "Резервирование и репликация". И хранился бэкап за последние 5 дней.
- После переустановки системы, я с радостью обнаружил, что RAID и все данные чувствуют себя отлично.
- Он предложил обновить систему поставить DSM 5.2-5644 Update1. Я решил обновить систему до восстановления из бэкапа, и до установки каких либо пакетов.
- Систему обновил, поставил пакеты в том числе и MySQL.
- Я захожу в восстановление, он мне сам подсказывает в какой папке у меня есть бэкап... и тут у меня еще больше радости - оказывается когда год назад я его (бэкап) настраивал, то указал, что надо делать копию системных данных.
- Я ставлю галки, что мне надо восстановить системные настройки и МаринуБеДе (MySQL)
- Он начинает шуршать... восстанавливает, но что-то подозрительно долго восстанавливал MySQL - т.е. никакого прогресса, ни ошибок.... И тут он опять пищит (раза 4), уходит в перезагруз... и снова зодорово: Конфигурация утрачена - с возвращением!
- Я снова ставлю ДСМ. Теперь уже спокойнее, т.к. знаю, что рейд живой.
- После ВТОРОЙ установки системы я решил:
а) НЕ накатывать DSM 5.2-5644 Update1,
б) восстанавливать данные в два этапа: сначала системные данные, а потом уже БеДе.
- Восстановление системных данных из бэкапа длилось секунд 20. После чего он (бекап) сказал - всё ок. Даже не перезагрузился.
- Иду, смотреть что у меня восстановилось... Все учётки восстановились, настройки ФТП, ВЕБ и прочее восстановилось!
- Перед восстановлением данных MySQL решил установить сам пакет Марина БеДе. Потому, как в бэкапе должны быть только данные.
- Запускаю восстановление данных MySQL.... И тут опять - прогресс застыл... Я жду... Данных там в сжатом виде 2,6Мб (это копейки для любого сервера БД). Я жду... Через час (!!!) решил отменить. Жму отменить. И опять долго жду - пишет "идет отмена операции". Я обновил веб страницу снова зашел в восстановление а он пишет - "идет восстановление (MySQL)". Во дела!
- После нескольких попыток отменить восстановление я решил перезагрузить НАС (не вас, а НАС)
- После перезапуска захожу в восстановление: "идет восстановление (MySQL)". Я в шоке!
- Я сижу, репу чешу, ищу явки и адреса ТехПод, в ДСМ ничего уже не трогаю. Через некоторое в время (минут 20) вываливаются два информационных уведомления: "Операция восстановления отменена".
- Ну хоть это хорошо. А то будет висеть задача восстановления всю жизнь. 
- Потом думаю, дайка я PHP MyAdmin поставлю, гляну хоть сам сервер MySQL дышит или нет?
- Захожу в PHP MyAdmin - а там.... Все базы НА МЕСТЕ.
- Запускаю свой софт - он без проблем коннектится к БД и все данные на месте (вчерашний мкультиплеер присутствует!)
В сухом остатке: На данный момент у меня вроде всеё работает. Висит напоминалка, что надо поставить DSM 5.2-5644 Update1
Но я почему-то - боюсь ставить ее. Надо, думаю несколько дней (недель?) подождать.
Если что непонятно изложил - не пинайте, спрашивайте.
Ну и для всех моя любимая поговорка: "Программисты делятся на тех кто делает бэкап, и кто пока не делает бэкап"